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1949年新中国成立后，政府对宗教活动采取了两线并进的政策。所谓两线是指：一方面，宗教被认为是阻碍新中国进步的腐朽因素，应予取缔；但另一方面又认为，宗教是社会发展过程中的一个现象，需要时间逐步淘汰，而在此过程中，要结合其力量为国家建设作贡献，无需即时禁止。
这一两线政策导致当时教会内部出现了矛盾。一些人认为，教会不应当参与政治，不能依附任何政治党派，而应维持自身的独立，自行推展教会事工；但另一部分人则认为，教会应当顺应环境，配合国家的需要来进行教会活动。就这样，中国大陆出现了两种教会，一种是政府认可的公开教会，另一种是不被政府认可的私下聚会点。
为确保中国的基督教符合国家宗教政策，新政府成立了 “中国基督教三自爱国运动委员会”（简称“三自会”），通过这个组织统筹全国基督教事务。在三自的名义下，任何来自外国的宗教活动形式均被视为与自治、自养、自传不相符，中国基督教的事工从此不再容许任何来自外国的参与。并且，只有被称为三自教会的官方认可教会，才可以公开聚会，不在三自会领导之下的基督教事工，均被界定为非法活动。1956年，三自会宣布，中国教会已经与外国教会断绝了所有联系，并且在三自会的带领下已经实现了教会的完全合一。不过，在随后一波又一波的政治运动中，三自教会的活动范围也受到波及，事工持续萎缩，聚会人数剧减。
1976年政府开始走改革开放的路线，三自教会重新活跃起来，聚会人数从谷底回升，更令人惊叹的，是三自体系之外的家庭教会——虽然聚会遭查禁，领袖被捕下狱，但这些教会没有因此消失，反而因为历经磨练而变得更加坚强，在改革开放后迅速蓬勃发展起来，聚会点如雨后春笋遍布全国，成为中国教会一大特色。二十世纪结束时，保守估计认为，在之前五十年中，中国大陆基督徒人数增加了一百倍，人数超过六千万！
从前，中国教会各方面都依赖西方差会的供应和扶助，长时间无法真正自立；但在长达几十年缺乏支援的情况之中，中国教会竟然能够自力更新，不单胜过压力，更迅速成长，炼就了真正的自治、自养、自传。
与此同时，改革开放之后的中国教会也克服了过去宗派藩篱所带来的隔阂与混乱。在几十年的时间里，中国教会没有办法跟外界接触，这就中断了所有与外国教会、机构的联系，没想到却因此走出自己的道路，发展出具有强烈本土色彩的教会——虽然各地家庭教会在具体运作和取向上仍有差异，但过去分属各个宗派的基督徒却因着环境所迫，不得不跟周边其他基督徒彼此相连，互相勉励，逐渐形成了真正的中国教会。宗派林立的现象在中国教会中消失了，这个发展实在出人意料。
四九年后，一些人曾对中国教会的前途非常悲观，认为这个幼小又脆弱的教会不可能存在下去。没想到的是，中国教会展现出惊人的耐力，就如同初代教会一样，克服逼迫之后成长了起来。苦难从来不能够摧毁教会，中国教会再一次见证了这个规律；也让人们再一次清楚看到，基督的福音若要广传，教会就必须根植于所在的土地上。
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连年战乱再加上政权更迭，导致大批中国人在1949年前后移居海外，这移民潮为中国大陆外的海外华人教会带来了充沛的人力资源。其实，早期移民海外的华人基督徒也在海外设立教会，不过很长时期内，由于资源短缺，人才不足，这些海外华人教会都需要中国本土教会的支持。这种局面到一九五零年代之后就开始改变了。以香港为例，从一九六零年代开始，香港经济腾飞，不少家庭把子女送往欧美地区求学就业，当中也有为数不少的基督徒，华人教会因而在留学群体当中发展起来。当时，几乎每一所美国大学都有华人大学生的查经班。这许多基督徒毕业后，不少人选择留在北美工作，成家立业，查经班就渐渐转型成为教会，并且教会的规模也日益壮大，日渐成熟。类似的发展也出现在台湾以及东南亚各地。到了一九八零年代之后，海外华人教会开始成型，培养出了第二代教会领袖。不少教会同时开设了普通话、粤语及英语聚会，以配合各地移民及土生土长的基督徒所需。到了二十世纪末，海外华人教会已经扎根于全球各大洲，并且密集地出现在两个区域，一个在港台东南亚，另一个在北美，主要是美国和加拿大。1976年香港举办第一届“世界华人福音会议”，也催生了华福运动，成功地将散布世界各地、各自为政的海外华人教会招聚到一起，大家携手努力，投身普世福音运动。
在教会事工上，华人教会也开始向着多元化的方向发展。在教会聚会之外，也兴办学校、医院、孤儿院、托儿所等多元事工；文字事工也开始起飞，印刷发行大批中文书籍，连一向依赖西方学者的圣经注释书籍也开始出现华人学者的著作。华福运动则提升了华人教会的差传意识，华人宣教士开始出现在世界各地的宣教工场，向华人以外的族群传递福音信息，打破了宣教士都是欧美人的传统。
从1807年马礼逊来华至今，华人教会在两百多年的成长过程中克服了种种困难，终于真正站立起来了。今天，华人教会事工仍有很大发展空间。若今天的华人教会能从历史当中学习功课，避免重蹈前人覆辙，一定能够更好地传承福音使命。
无数前辈前仆后继，为教会历史写下了美好篇章。继续书写教会历史的笔如今就握在你我手中，愿神使用你，使用我！
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